La majorité des microorganismes pathogènes (virus, bactéries ou protozoaires pouvant causer des maladies) susceptibles de se trouver dans l’eau proviennent de déjections humaines ou animales. Comme il est techniquement impossible de faire l’analyse de tous les pathogènes, on utilise plutôt des indicateurs microbiologiques qui sont en soi sans danger : les bactéries E. coli, les bactéries entérocoques et les bactéries coliformes totales.
Les bactéries E. coli sont très abondantes dans la flore intestinale humaine et animale, et c’est aussi la seule espèce qui soit strictement d’origine fécale. Les bactéries E. coli sont considérées comme le meilleur indicateur de contamination fécale. Leur présence dans l’eau signifie que cette dernière est contaminée par une pollution d’origine fécale et qu’elle peut donc contenir des microorganismes pathogènes.
La gastro-entérite est la maladie la plus fréquente associée à l’ingestion d’eau contaminée par des matières fécales. Bien que cette maladie soit souvent bénigne, elle peut parfois avoir des conséquences très graves sur la santé. D’autres maladies plus rares comme les hépatites ou les méningites peuvent aussi être provoquées par l’ingestion d’eau contaminée. Ce risque concerne non seulement les membres d’une famille qui consomment l’eau d’un puits, mais aussi tous leurs visiteurs.